根据银保监会网站的介绍，为了彻底贯彻党中央、国务院关于完善金融机构公司治理的决定和部署，银保监会系统地组织了从2018年至2020年开展了“农村中小银行股东股权三年排查整治行动”。近三年来，有3898家农村中小银行全部完成了机构自查和监管检查，以实现全面调查和补救的目标。

农村中小银行股东众多、结构极为复杂，具有“小”“散”“弱”的特点。三年排查整治共涉及持股1%以上股东38.5万个、股权3889亿股，累计发现问题1.99万个，集中反映在以下五方面：

首先，股东资质不合格。一些陷入困境的投资者通过粉饰报告和财务欺诈购买了股票，这对机构的健康发展构成了隐患。例如，当一个农村信用社改组为农村商业银行时，审计报告中的第一大股东虚增了8000万元的收入，将实际的经营亏损变成了利润，掩盖了真实的资格。

其次，入股资金来源不合规。一些股东利用委托资金购买股票，最终导致股权纠纷，影响了组织运作的稳定性;有些甚至借钱购买股票，导致严重的资本虚假。例如，一家农村商业银行的70名股东从该银行获得了13.1亿元的贷款进行投资，占该银行总股本的62%。

第三，逃避“穿透”监管，持有超比例、超数量的股权。一些股东通过与关联方签订抽屉协议、委托持股等方式隐瞒关系，违反了“两参或一控”等监管要求，购买了银行大量股份。例如，徐某和他的22个“无形”关联方以上述方式持有17家农村商业银行的4亿股股份，其中13家是主要股东。

第四，违反规定进行关联交易。一些机构违反了关联交易的条件和程序，或者超出了配额的范围向股东提供信贷，一些机构采用各种方法掩盖了关联交易，以避免监督和信息披露。例如，一家农村商业银行向九个关联方发放了2.5亿元的贷款，贷款额度低于该行最低执行利率的一半;某农村商业银行未执行相关交易复核程序，其股东及多家关联公司采取“化整为零”的方式，从该银行获得贷款数十笔，总金额占该银行净资本的95%;其中大多数已经表现不佳。