台湾情报头子陈明通在台大“国发所”任教期间，指导的多位绿营政要门生纷纷传出论文抄袭丑闻，重创台大与“国发所”声誉，但迄今两方皆未正面回应如何处置陈明通。“蓝委”表示，相较之前处理前新竹市长林智坚，台大对于陈明通的处置，态度趋于低调。希望台大甚至“国发所”能面对民意，厘清陈明通所引起的争议，才能挽回外界对龙头大学的信心。
观察者网援引台媒中时新闻网报道称，林智坚、郑文灿二人的指导教授陈明通在任教台湾大学“国发所”期间，其指导或担任口试委员的20份硕士、博士学位论文，竟都是从同一份调查数据拆分而来，形同“1鱼20吃”。这20人“非权既贵”，包括名嘴、主播以及覆盖民进党当局多个工作部门的官员。
报道指出，陈明通自1995年至今，在台大“国发所”共指导173位硕博士，除了郑文灿和林智坚外，还包括高嘉瑜、潘孟安、邱志伟、郭国文等多位民进党政要。
揭露郑文灿论文抄袭的新党青年游智彬怒批道，陈明通的173位学生就是他的“173部队”，是他权力的防火墙和护城河。
据台媒报道，台大在8月中旬接获检举陈明通涉论文指导丑闻，校方便启动调查。据了解，此案目前进度已达教评会讨论。不过由于大学对教师去留的审核，有着“三级三审”的把关过程，因此审定结果不会这么快就出来。至于校方与所方调查处置陈明通的进度，“国发所”依旧不愿正面回应，仅答复以校方说明为主，台大则说，目前依学校程序调查中。
国民党“立委”李德维表示，陈明通的所作所为已引起社会非议，即便“国发所”、台大与“教育部”都作出了一定程度的检讨，还是无法回应民意的挑战，因此希望3方能再细部研议，对于指导论文规范提出通案，让各校都能有所遵循，杜绝学伦歪风。
民进党籍台北市议员王世坚称，不该用政治权力挑战学术尊严，陈明通曾经是非常优秀的教授，不想多加批评，但希望陈明通知所进退，还给学术应有的尊严。
王世坚表示，如果弄到让社会或学术界须订出其他更细的规则来规范论文，实在是“该走的人玷污了学术界”。他感叹道，本来学术界大家都很诚实地面对自己、面对学术，曾几何时跑出这些假“国师”。他更忍不住大叹“天啊！”
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