糊里糊涂地做了当朝皇帝老子的奕譞，在儿子深更半夜被抬进皇宫之后，因为过分地担惊受怕，“触发旧疾，步履几废”，于是回家和自己的夫人一商量，干脆向慈禧递交了一份辞职报告。奕譞的这份辞职报告写得哀婉悲楚，情真意切：“臣侍从大行皇帝十有三年，时值天下多故，尝以整军经武，期睹中兴盛事，虽肝脑涂地，亦所甘心。何图昊天不吊，龙驭上宾。臣前日瞻仰遗容，五内崩裂，已觉气体难支，犹思力济艰难，尽事听命。忽蒙懿旨，择定嗣皇帝，仓猝昏迷，罔知所措。迨舁回家，身战心摇，如痴如梦，致触犯旧有肝疾等病，委顿成废。惟有哀恳皇太后恩施格外，许乞骸骨，使臣受帡幪於此日，正邱首於他年，则生生世世，感戴高厚鸿施於无既。”
在接到奕譞的这个辞职报告后，慈禧允其所请，下诏免去了奕譞所担任的差事，但明谕其亲王衔可以世袭罔替。即使对于这么一点仅剩下的权力，奕譞还是不放心，曾经再次上疏恳辞，但却没有获得慈禧的批准。辞去各项官差的奕譞夫妇，在京城过起了赋闲在家的平静生活。费行简的《近代名人小传》说他们夫妇：“自是恒年余，闭门不接宾客。”然而，人算不如天算。光绪十年(1884年)农历三月十三，慈禧太后因不满于奕訢等人在中法战争中的表现，以“委靡因循”的罪名，下令免除了奕訢的一切职务，奕訢集团的全班人马悉数被逐出军机处和总理衙门，这就是晚清史上著名的“甲申易枢”事件，也有人将其称为慈禧一生所发动的又一次政变。奕訢等人被斥退的同一天，军机处和总理衙门的主要官员便实现了大换血。礼亲王世铎开始掌管军机处，额勒和布、阎敬铭、张之万等成为新的军机大臣;庆亲王奕劻掌管总理衙门……
对于慈禧这一新的人事安排，时人即有“易中枢以驽马，代芦服以柴胡”的评语。其言外之意是，单就行政能力而言，这些新进的大臣远逊于此前的奕訢、宝鋆等人。或许正是考虑到了舆论的压力，慈禧此时不得不再次搬出了正在“大隐于市”的醇亲王奕譞，让他替代奕訢的地位遥控枢机。在奕訢等人被贬的次日，慈禧在一道懿旨中明白告示：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕譞商办，俟皇帝亲政后再降懿旨。”次年，也就是光绪十一年(1885年)，奕譞又被任命为刚刚成立的总理海军事务衙门的总办。即使在重新出山之后，奕譞也无时无刻不生活在巨大的惶恐之中，深怕因为自己的不检点而引起慈禧的猜疑。
时人王照在《方家园杂咏纪事》中记载的几件事情，颇能说明奕譞重新出山之后的这种谨慎和低调。光绪十二年(1886年)五月，奕譞奉命会同李鸿章到天津、旅顺、烟台等海口巡阅海军。为了这次盛典，慈禧特意赐给了奕譞一乘杏黄色的轿子。但奕譞非但不敢乘坐，还坚请慈禧身边的红人李莲英一同前往阅兵。出京后，每次接见地方大员，必命李莲英随见。奕譞之所以这样做，用意十分明显，就是避免擅权的嫌疑，不给慈禧整治自己制造任何把柄。
除此之外，奕譞在生活上也非常节俭。当时，与奕譞有着良好的私人关系的直隶总督、北洋大臣李鸿章，因为办理洋务积攒下了惊人的财富。为了笼络朝廷重臣，李鸿章经常以自己所办企业的股份赠送给各位当轴要人，而当朝诸公一般都予以笑纳，即使奕訢也不例外。但对于这些物质利诱，奕譞却坚决拒绝，成为各位王公大臣之中唯一拒收李鸿章贿赂的人。
今天，位于北京闹市区中央音乐学院一带的那些老建筑就是当年奕譞的王府。据曾经前往王府查验工程的吏部主事何德刚所见，当时，奕譞家的“房屋两廊，自晒煤丸，铺满于地，俭德不可及。”据说，奕譞还曾给自己的子女写下了这样的治家格言：“财也大，产也大，后来子孙祸也大。若问此理是若何？子孙钱多胆也大，天样大事都不怕，不丧身家不肯罢。”人天生都有贪图物质享受的倾向，身为皇帝父亲的奕譞想来也不能例外。他在私生活上之所以简朴和低调，当然不能排除个人道德上的因素，但更多的还是忧谗畏讥的结果。而那个让他不敢稍有一丝懈怠的人，正是在一旁虎视眈眈地关注着自己的慈禧。“甲申易枢”事件之后复出的奕譞，因为自己的儿子是“今上”的缘故，很多情况下只能在背后“隐掌”枢机。但他也担任过一个很重要的政府部门的实职，这就是光绪十一年(1885年)新成立的海军衙门的总理大臣。在他和李鸿章等人的努力下，截至光绪十四年(1888年)，一支由“定远”和“镇远”两艘铁甲战舰领衔的北洋海军终于成军，成为远东地区首屈一指的海上武装力量。
应该说，在好友李鸿章的影响下，奕譞对于海军在近代国防中的重要作用是深有感触的，也曾为了清朝的海军事业付出了巨大的努力。甚至在其生前最后的时刻，卧倒在病床之上奄奄一息之时，还特意将自己在烟台视察海军时慈禧所赐赠的金如意交给前来探视的光绪皇帝，拉着自己的儿子的手谆谆嘱咐：“勿忘海军。”但另一个方面，慈禧太后对于奕譞的与日俱增的猜疑，决定了这个手握利器的海军衙门总办，事实上绝难有真正的大作为。大多数的情况下，只能依附在慈禧的卵翼之下，以取悦慈禧为职志。其最明显的例证就是在其主持海军衙门期间，公然挪借和挪用海军的经费，为慈禧太后修建三海工程和清漪园工程。
中法之战后，清朝的天下相对太平。加之光绪皇帝亲政在即，即将结束听政的皇太后需要有个养老的去处。于是，专为慈禧归政后使用的三海工程和清漪园相继开工建设。谈起修园子，不能不能提起同治年间的一段往事。当时，也是鉴于同治皇帝面临即将亲政的情况，于是，慈禧母子一度想修复被英法联军焚毁的圆明园，以供太后归政后使用。但这样的提议一经提出，立即遭到了奕訢等朝臣的强烈反对，慈禧母子只好将提议搁置。
有了这次教训，慈禧学得聪明些了。在启动三海工程和清漪园工程的懿旨里，她明确要求主管大臣不得动用“部库存款及其他正式收入”，而只许使用“闲杂各款”。然而，所谓的“闲杂各款”又从哪里来呢？种种难处不免都集中到了主持政务的奕譞一人的身上。他又不敢像兄长奕訢一样硬顶，于是，焦头烂额的他只好东挪西借，勉强凑数。有时实在周转不开了，只好从自己所掌管的海军衙门里挪借甚至挪用各种款项应付，海军衙门由此成了一个补充修园子资金的中继站。
现在，根据相关专家的研究，从1885年到1895年10年中，整个三海工程共计挪借了海军衙门经费437万两。当然，必须指出的是，这些款项都不是无偿占有的，所挪借的款子后来都指定专款予以归还。而到了修建清漪园也就是颐和园时，这种“挪借”便发展成了“挪用”。为了将这种“挪用”变得名正言顺，奕譞特意挖空心思地找了个冠冕堂皇的“规复昆明湖水操旧制，在昆明湖上修建水操学堂”的理由。这样，颐和园的建设就成了海军衙门的一项义不容辞的职责，再往里填银子也就可以堵住天下的悠悠之口。根据有据可查的资料显示：从奕譞主持园工开始，一直到其死后庆亲王奕劻接任，整个颐和园工程一共腾挪海军衙门款项达325.75万两(姜鸣《龙旗飘扬的舰队》，生活·读书·新知三联书店，2002年12月第1版)。
除了挪用之外，奕譞还打着“海军专款”的名目，明令地方各个封疆大吏报效了260万两白银。这些钱虽然从一开始就不是准备花在海军身上的，但它毕竟是打着海军的名义搜罗的，因此，一些不知情的外人很难将两者区分清楚。应当说，在整个三海工程和颐和园工程中挪借和挪用的海军衙门的款项，虽然并没有后世一些人说的那样巨大，但毕竟是个不能否认的事实。因此，绝对不能说这件事情和甲午海战中北洋海军的败北一点关系也没有。即使奕譞极力巴结、取悦慈禧太后，时刻不忘消除这个女人对于自己的猜忌之心，但从实际效果来看，似乎并不理想，慈禧还是处心积虑地欲把这个皇帝的父亲“置诸死地”。《近代名人小传》中讲了这样一个小故事：奕譞因为责备李莲英纳贿而为李所中伤，有一次去探望病中的慈禧，慈禧竟然没好气地对他说：“尔太上皇矣，何顾我为？”这一句话吓得奕譞几天睡不着觉。光绪十三年(1887年)后，奕譞以病情恶化为由，在家养病。陈灨一在其《睇向斋秘录》中透露说：慈禧“日派御医轮流诊视，药亦由内廷颁出，阴以毒物少许杂其中，于是王病益危”。如果陈灨一所言属实，则奕譞简直就是被慈禧生生毒杀的。
奕譞死后，因为生前办过洋务，主持过海军事务，各国在京使馆纷纷派人前往吊唁。看到国际上的反应，又念在他生前为自己修建颐和园的份上，慈禧忽然良心发现，不但允许光绪皇帝亲赴王府祭奠生父，她自己竟也屈尊前往王府吊唁。不过，这种吊唁更多的只是“猫哭耗子”的假慈悲而已。《金銮琐记》就提到，在奕譞死后，慈禧太后的确亲往哭之。但在哭毕之后，竟然将王府中的贵重东西统统搬入自己的宫中。
这还不算。光绪二十二年(1896年)，内务府有个据说精通风水之学的叫英年的大臣，因为急于想升官，于是就动了歪念头，在晋见慈禧时说：醇亲王奕譞的墓地上有白果树一颗，高十余丈，荫数亩，形如翠盖罩在墓地上。按其地理，这样的大树只有帝王的陵寝才可以有。况且，白果的“白”字加在“王”之上就是个“皇”字，这于皇室大宗很是不利。因此，英年建议应该立刻伐倒此树。慈禧听了，当即命令说：“我即命尔等伐之，不必告他。”这个“他”，就是奕譞的儿子、当朝的皇帝载湉。因为事涉皇帝的先父，内务府虽然接到慈禧的懿旨，也不敢轻动，有人最后还是将这个消息告诉了光绪皇帝。光绪皇帝立即严敕：“尔等谁敢伐此树，请先砍我头！”如此相持月余。一天早上在皇帝退朝之时，忽听内侍有人前来报告说，太后已经于黎明时分带着内务府的人去往醇亲王陵墓伐树去了。光绪皇帝匆忙带人尾随出城，试图阻止伐树。但行至红山口时，光绪皇帝即于舆中嚎啕大哭。原来，平常走到这里时，就能看见那颗亭亭如盖的白果树，但今天走到这里时，却已经看不见了！待到光绪皇帝赶到墓园，树身早就被砍倒了，数百人还在继续砍伐树根。在伐倒的白果树的周围，被挖成了一个十余丈的大坑，里面洒满了石灰，以防止白果树死灰复燃。在场的大臣告诉皇帝：太后亲自拿着斧头砍了三下后，才下令众人伐之。有太后的示范作用，众人再也不敢违抗，只好伐树。光绪皇帝无奈之下，围绕父亲的墓地走了三圈，“顿足拭泪而去”。作为皇帝的爸爸的奕譞，在其身故之后，他的墓地上的一颗银杏树竟然也没能保住，下场可谓凄惨至极。不过，与他的皇帝儿子光绪皇帝比起来，他还算是比较幸运的。他的那个皇帝儿子，其一生的命途更其多舛，活脱脱就是一出人间的大悲剧。难怪当年载湉以四岁之龄入主大统时，他的爸爸要哭昏于地了。百年之后再来看这段历史，这个身为皇帝老子的奕譞实在是有先见之明啊！
